三权分立原则的起源可追溯至亚里士多德时代。而在启蒙时代时，少数哲学家如约翰·洛克与詹姆斯·哈林顿在其著作里提倡这原则，反之，其他哲学家如霍布斯则强烈反对此原则。孟德斯鸠是其中一个三权分立的著名支持者。其著作对美国宪法的制定者影响很大。然而在某程度上美国宪法的制定者曲解了孟德斯鸠的原意。根据以撒·莱斯（IsaacRice）（一个十九世纪的政治科学家）所言，孟德斯鸠反对权力集中于单一个人，而不是单一来源。因为美国借用了部份孟德斯鸠的哲理思想来建立在现代美国政府里应用的权力制衡的系统，所以莱斯认为并不严格遵从三权分立原则的议会制并不符合孟德斯鸠的哲学。
严格的三权分立并没有在英国施行，而美国宪法在某程度上参考了英国的政治制度。在英国，国王与议会的联合（英国君主负责通过英国上议院与英国下议院的法令）为终极立法机关。行政机关以英王的名义行事－“即国王陛下政府”－而司法机关亦类似。英王的大臣通常为两院议员，而政府需要在下议院维持大多数。其中一位大臣，大法官兼上议院议长是平衡法院的惟一仲裁者，同时亦是上议院的议会主席。所以人们可以认为英国政府并没有遵照三权分立原则，虽然政府里具有不同职权的机关经常会有争论。
部份美国州份在十八世纪里并没有严格的遵照三权分立的原则。在新泽西州，州长同时亦是州最高法院的其中一员与州议会其中一院的议会主席。德拉瓦州州长为上诉法院其中一员；州议会两院的议会主席，并在行政部门里以副主席身分办事。在德拉瓦州与宾夕凡尼亚州，行政会议的成员有时亦是法官。但是在另一方面，很多南方州份则清晰的列明了三权分立的原则，如马里兰州、维吉尼亚州、北卡罗来纳州与佐治亚州均坚持三权分立。
立法权
美国国会拥有唯一的立法权力。在不授权原则下，国会不会在其他机关委派任何立法代表。根据此原则，美国最高法院在1998年的克林顿诉纽约市案（Clintonv.CityofNewYork）里指出美国国会不应授予总统“择项否决权”（line-itemveto），因为这授权使得总统可以在签署法案前对法案逐项否决，违反宪法的精神。
其中一个早期的不授权原则的确切限制的案例是1825年之“韦曼诉苏哈德案”（Waymanv.Southard）。在这案件里美国国会授予了法院制定司法程序的权力；这引起了很大争论，美国国会这做法被认为违宪。当时美国最高法院院长哈伦（JohnMarshall）承认程序规则的设定为立法职能，其分辨了重要主题与其他细节。哈伦写道：“一个广义的规定应由国会制定，而国会应予受这些规定影响的官员权力来填满这些细节。”
哈伦的言论与其后法院的决定使得美国国会在授予权力时更具弹性。在1935年，国家复兴署设立的案件“谢克特生蓄公司诉联邦案”（A.L.A.SchechterPoultryCorp.v.UnitedStates）里，美国国会无法授予总统制定“公平竞争法”的权力。法院认为美国国会的授权范围太过广泛，故宣告该法违宪，并认为美国国会必须设定部份标准来统制政府官员，而法院的职能则只是为“公正与理性”、“公众利益”与“公众方便”。
行政权
美国总统拥有行政决策权，其主要职责为“监督法律之忠实执行”。根据这些字眼，宪法并没有要求总统本人去执行法律；而是要求总统的下属官僚完成这些职责。宪法授予总统监督法律之忠实执行的权力，使得其可以中止某位行政官员的任命。美国国会本身并不会中止这样的任命或阻止总统施行这权力。然而，总统的权力并不会延伸至非行政机关。而此等事务则由战争索偿委员会、州际商务委员会与联邦贸易委员会等准司法和准立法实体来施行；其不会因总统的心血来潮的想法而受到影响。
美国国会并不会单侧地限制行政官员在其职责里的表现。在1983年之“美国移民归化局诉崔德案”（INSv.Chadha）里，美国最高法院推翻了一条授予美国国会否决美国司法部长的行政决策权力的法律。其后的裁决阐明了这情况；即使参众两院一起行动亦不能否决行政决策。然而，通由立法可以制定限制来统制行政官员。立法与国会式的单侧否决权有所不同，后者并不需要向总统报告以取得其允许（请参看权力制衡一章）。
司法权
司法权为审判案件与争论的权力；其由美国最高法院与由国会随时下令设立的次级法院所有。其法官必须由总统在经由听取国会建议与获得国会同意后所委派，其职务为终身制，并会获得足够的超时工作补偿。如果一个法院的法官并不具备这样的性质，该法院则不能运行美国的司法权。可以运行司法权的法院则称为“宪政法院”。
美国国会可能会成立“立法法院”，其具有准司法机关的形式，其成员并不像宪政法院般为终身制，且不会有超时补偿。立法法院可能不可以运行美国的司法权。在1856年之“墨累租屋诉霍博肯土地公司案”（Murray'sLesseev.HobokenLand&ImprovementCo.）里，美国最高法院指出立法法院不可审理与“习惯法、衡平法或海商法”相关的案件，立法法院只可审理“公权”问题（政府与个人间牵涉政治因素的案件）。
权力制衡
三权分立并不是绝对的；其以权力制衡的原则来实行。麦迪逊（JamesMadison）这样写道：“三权分立并不应完全分离，使得其三者间没有互相受到宪法的控制。”权力制衡系统的设立是为了防止任何一种职权受到滥用，出现越俎代庖的情况。
国会：行政官员与法官的薪金由国会所决定，但国会不能增加或减少总统的薪金，或减少法官在其任期内的薪金。国会亦会决定其议员的薪酬，但是美国宪法第二十七号修正案限制了国会议员薪酬增加的生效期，议会薪酬增加的议案要在下届国会选举时方才生效。
众议院拥有弹劾行政官员与法官的权力；参议院则负责覆核所有的弹劾提议。值得注意的是参议员与众议员并不当为文官：其并不可作为弹劾的对象（若参众两院的议员有三分二或以上要求某议员退任，则没问题）在众议院只要有过半数支持便可通过弹劾议案，但此议案要经由参议院再作议决，并要获得三分二支持方可生效。若官员被定罪，则会自动离任。在弹劾过程里除移除其职位或阻止其转职外，并没有其他惩罚，但其所犯罪行则会在弹劾后作出审讯并处罚。
国会负责审查行政部门的组成。若在选举团制度下没有一位总统候选人获得过半数支持的话，则众议会负责在票数最高的三位候选人中选出一位任总统（这是根据美国宪法第十二号修正案所定立）。而副总统则由参议院在最高票数的两位候选人里选出。当副总统职位出缺时，总统可在得到参众两院同意后委派新人选。此外，总统若要任命内阁官员、驻外大使与其他行政官员，则必要取得参议院的建议与认同。当参议院休会时，总统可以不经确认程序作出暂时委派，称为“休会任命”。
国会与总统亦可影响司法部门的组成。国会可以成立次级法院并拥有独立司法权。此外，国会负责限制法院组成人员的数量。法官则由总统在聆听国会建议并获得其认同后指派。
总统：美国总统可以通由行使议案否决权来控制国会，但参众两院若各有三分二的票数反对该否决，则这议案否决权便没效。当参众两院无法为休会期作出结论时，总统可以作出安排。参众两院或任何一院皆有可能会被总统命令召开紧急会议。而副总统是参议院的主席。
正如上述所言，总统可以在听取参议院的建议与取得其认同后任命法官。其亦可颁布特赦或缓刑令。其特赦令不用经过国会审核，亦不用得到被授予者同意。
美国总统亦是美国陆，海，空三军的总司令。
法院：法院通由司法审查权来控制行政部门与立法部门。这个慨念并没有写进宪法里，但却是众多宪法草拟者的设想（如联邦主义议文集也曾提及）。在“马伯里诉麦迪逊案”（Marburyv.Madison）一案里，最高法院定立了运用司法审查权的前提，虽然如此，部份人仍然对此持有反对意见，认为此权力是为了政治目的，但在特定情况下的政治现实却诡异地限制了反对意见，而此法律先例并且定立了法院可以宣告国会通过的法律违宪的权力。（详情可参看美国司法审查权之探讨）
一个常见的误解是最高法院为惟一的法院可以对法律的合宪与否作出判决；其实即使是次级法院亦可运用此权力。但只有最高法院的决定对联邦具有约束力。上诉法院的决定只适用于该上诉法院的司法管辖区。
美国最高法院院长在总统被弹劾期间会在参议院里任议会主席。然而参议院的规则并没有给予议会主席很多权力，所以最高法院院长在这里的角色只是较为无足轻重的。
对等性
宪法并没有明确指出任何一个政府部门拥有最高的权力，但是麦迪逊在联邦主义议文集第五十一章写道，现实上没可能公平给予各部门自我辩护的权力，在共和国里，立法部门的权力应是最为优先的。
有人可能会指出司法部为历史上三权分立里最弱的一环。其司法审核权和对其他两系的独立审查权经常被质疑。事实上，在南北战争前，法官运用其权力来推倒违宪的法案的案例只有两宗：1803年之“马伯里诉麦迪逊案”（arburyv.Madison）与1857年之“史考特诉桑福德案”（Scottv.Sandford）。虽然最高法院广泛地运用了司法审核权，但这并不能被认为是其具有与国会或总统同等政治权力的表示。
美国首六任总统不曾广泛使用其否决权；华盛顿只曾否决过两个议案、门罗只有一次、老亚当斯、杰斐逊与小亚当斯则没有使用过。麦迪逊总统为行政主导信念的坚定支持者，其则曾七次推翻法案。首六任总统里，没有任何一位使用否决权来主导国策，但是第七任总统杰克逊，则首次使用否决权作为政治武器。在其两届任期里，共否决了十二道法案；比其前数任的总和还多。此外，其在推动印地安人排除法案时，违抗了最高法院的判决；其名言是“马歇尔（JohnMarshall）做下的决定，就让其自己去执行吧！”
部份杰克森的后继者并没有使用否决权，但其他的继任者则间断地便用。在南北战争后总统开始使用否决权来抗衡国会。詹森与国会斗争的故事最为著名。詹森是一名民主党党员，其否决了部份由激进共和党议员通过的重建南方诸州的法案。国会则推翻了詹森二十九次否决里的十五次，其亦企图通由任职法（TheTenureofOfficeAct）来限制总统的权力。此法案使总统在解除内阁高级官员的职权时要经由参议院审批。当詹森故意违反此法案时，其被认为是违宪的（最高法院在稍后确认了这情况），众议院对其作出了弹劾，其仅以一票之微开脱。
詹森的弹劾案对总统职权损害很大，使其几乎成为国会的下属。有人认为总统应只作为象征式的领袖，而美国众议院发言人则成为事实上的总统。詹森以后的首位民主党总统克利夫兰则试图恢复总统的权力。在其首届任期里，共否决了超过四百个议案；是其前二十一位总统否决数总和的两倍。其亦开始解除经由官僚主义的任免系统而来的官员，而以个人的功过来任免官职。参议院却拒绝了这么多的新任命，并要求克利夫兰移交暂停权力的机密档案。克利夫兰坚定地拒绝了此请求，并说“这些暂停权力的决议为总统的行政法令（executiveacts）……总统并不必对参议院负责，本人亦不愿将有关本人的行动提交给参议院作出裁决。”克利夫兰的高民望逼使参议院放弃要求并确认那些提名。而且国会最终废除了在詹森任期内通过的极具争议性的任职法。所以克利夫兰的任期是总统虚位化的终结。
少数二十世纪的总统尝试大幅扩大总统的职权。举例来说，罗斯福提出总统被授予了权力，能做出任何不被法律明文禁止的事；这与紧随其后的继位者塔虎脱大为不同。小罗斯福在经济大萧条时拥有极大的权力。国会授予了小罗斯福广泛的权力；在“巴拿马精链公司诉瑞安案”（PanamaRefiningv.Ryan）里，法院首次裁定国会给予总统的权力违返了三权分立的原则。前述的“谢克特生蓄公司诉联邦案”一案，是小罗斯福总统任期内的另一个有关三权分立的案件。为了回应这么多对其不利的法院裁决，小罗斯福提出了一个“最高法院改造”计划（"CourtPacking"plan），使得总统可以任命更多的法官进入最高法院这个计划（被国会否决）会严重削弱司法部的独立与权力。