交易制度
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一 以机构投资者为主。自然人仅限特定情况才允许投资。
二 实行股份转让限售期。新三板对特定主体持有股份规定限售期，另对挂牌前增资、控股股东及实际控制人转让股份等也分别规定了限售期。[1]
三 设定股份交易最低限额。每次交易要求不得低于1000股，投资者证券账户某一股份余额不足1000股的，只能一次性委托卖出。
四 交易须主办券商代理。主办券商代为办理报价申报、转让或购买委托、成交确认、清算交收等手续，挂牌公司及投资者在代办系统所进行的股份交易的相关手续均需经主办券商办理。
五 依托新三板代办交易系统。新三板代办交易系统依托于深圳证券交易所建设，与中小板、创业板等并列于深圳交易所交易系统。
六 投资者委托交易。投资者委托分为意向委托、定价委托和成交确认委托、委托当日有效。意向委托、定价委托和成交确认委托均可撤销，但已经报价系统确认成交的委托不得撤销或变更。
七 分级结算原则。新三板交易制度对股份和资金的结算实行分级结算原则。
交易规则
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1.新三板交易规则股票名称后不带任何数字。股票代码以43打头，如：430003北京时代。
2.委托的股份数量以“股”为单位，新三板交易规则每笔委托的股份数量应不低于3万股，但账户中某一股份余额不足3万股时可一次性报价卖出。
3.报价系统仅对成交约定号、股份代码、买卖价格、股份数量四者完全一致，买卖方向相反，对手方所在报价券商的席位号互相对应的成交确认委托进行配对成交。如买卖双方的成交确认委托中，只要有一项不符合上述要求的，报价系统则不予配对。因此，投资者务必认真填写成交确认委托。
4.股份报价转让的成交价格通过买卖双方议价产生。投资者可通过报价系统直接联系对手方，也可委托报价券商联系对手方，约定股份的买卖数量和价格。投资者可在“代办股份转让信息披露平台”的“中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让”栏目中或报价券商的营业部获取股份报价转让行情、挂牌公司信息和主办报价券商发布的相关信息。
5.新三板交易规则要求没有设涨跌停板。
交易范围
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新三板交易范围：
（1）新三板交易机构投资者，包括法人、信托、合伙企业等。
（2）新三板交易公司挂牌前的自然人股东（挂牌公司自然人股东只能买卖其持股公司的股份。）
（3）通过定向增资或股权激励持有公司股份的自然人股东。
（4）因继承或司法裁决等原因持有公司股份的自然人股东。
（5）协会认定的其他投资者。
新三板制度
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1、 非典型报价驱动机制，而是愿者上钩的被动交易制
新三板的交易方式有两种，一是投资者买卖双方在场外自由对接，协商并确定买卖意向，再回到新三板市场，委托主办券商办理申报、确认成交并结算；二是买卖双方向主办券商做出定价委托，委托主办券商按其指定的价格买卖不超过其制定数量的股份，主办券商接到此委托后，并不积极作为，寻找相应的买家或卖家，而是将定价委托申报至股权代办转让系统登记备案，并等待一个认可此价格的买家或卖家出现，对手方如同意此定价且愿意为此交易，仍需委托主办券商做出成交确认委托，一旦该委托由主办券商做出成交确认申请，并在标的股份存在且充足、买方资金充足的情况下，交易才能成立。由此可见，此种机制并非典型的指令驱动机制。
2、尽可能减低风险，安全交易
新三板交易制度通过实行一系列规范尽可能避免交易的风险，诸如，实行机构投资者投资为主，限定进入股份交易代办系统期限，规定最低交易股份数额以及要求通过主办券商予以代理，这均显示出新三板交易制度希望尽可能减低交易风险。
3、与主板等场内市场有效衔接和统一
新三板交易系统平台建立在深圳证券交易所系统平台上，交易账户与深圳交易所系统相衔接，创建深圳证券交易所账户的投资者，直接可以用该账户进行新三板交易，由此搭建了中小板、创业板与新三板的连接桥梁。
4、证券机构在交易制度中地位举足轻重
交易的委托、报价申请、成交确认以及交割清算，都需要主办券商代为代理，但现阶段的交易并非实行做市商制度，主板券商仅起到交易代理的作用，其进一步的作用并未发挥出来。
5、交易制度尚处于试点阶段，具有很强的试验色彩
整个新三板的交易制度都处于试点阶段，《暂行试点办法》带有的试验色彩浓厚。[2]
交易制度的问题
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设置交易门槛限制股份流动性。新三板限制了部分投资者进行投资，从而也限制了更多新三板挂牌公司股权金进入交易市场，最终也影响了新三板交易制度的活跃程度。
券商作用仍有进一步扩宽的空间，券商的主要功能在代理交易作用，其对于新三板交易并不能发挥进一步作用，诸如进一步引导和发现价格，促成交易等方面作用都十分有限。[3]
融资仍然存在一定难度，新三板交易制度由于存在流动性问题，致使不能充分满足挂牌公司的融资需求，希望通过广泛的投资者的快捷融资存在一定难度。
个人投资者参与交易受限，虽然此举旨在减少风险，但也使得广大个人投资者无法分享到新三板挂牌企业的发展成果。
非公众公司交易受限200人红线，这在一定程度上限制了新三板挂牌公司股份交易的活跃程度。
新三板交易条件
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新三板交易条件：
( 1）依法设立且存续满两年（有限公司整体改制可以连续计算）；
( 2）业务明确，具有持续经营能力；
( 3）公司治理机制健全，合法规范经营；
( 4）股权明晰，股票发行和转让行为合法合规；
( 5）主办券商推荐并持续督导；
( 6）全国股份转让系统公司要求的其他条件。
新三板分层
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所谓新三板分层，是指在新三板挂牌的数量众多的企业当中，按照一定的分层标准，将其划分为若干个层次，可降低信息搜集成本，提高投资分析效率，增强风险控制能力，引导投融资精准对接。同时，通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以促进新三板市场持续、健康发展。
目前，新三板暂时分为两层：基础层和创新层。
新三板挂牌公司进入创新层，需满足以下条件之一：
1、最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）；最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）。
2、最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；最近两年营业收入平均不低于4000万元；股本不少于2000万股。
3、最近有成交的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元；最近一年年末股东权益不少于5000万元；做市商家数不少于6家；合格投资者不少于50人。
满足上述规定进入创新层的挂牌公司，还应当满足以下条件：
(一)最近12个月完成过股票发行融资(包括申请挂牌同时发行股票)，且融资额累计不低于1000万元；或者最近60个可转让日实际成交天数占比不低于50%。
(二)公司治理健全，股东大会、董事会和监事会制度、对外投资管理制度、对外担保管理制度、关联交易管理制度、投资者关系管理制度、利润分配管理制度和承诺管理制度完备；公司设立董事会秘书并作为公司高级管理人员，董事会秘书取得全国股转系统董事会秘书资格证书。