是两所培训性质，培训内容，培训生员完全不同的军事院校。
从培训性质来讲：国防大学属于在职培训，进修培训，高阶培训类，类似于中央党校。是以高中级军官晋升培训为主的。国防科技大学属于生长培训类，类似于地方其他大学，以招收高中毕业生为主。
从培训内容来讲：国防大学主要是培训军事指挥，军事管理，军事谋略的。国防科大则是以国防科技，军事技术培训为主。通俗的说，国防大学培养指挥人才，国防科大培养技术人才。
从培训生源来讲：国防大学的学员主要是各部队选送的，准备晋升副军职职务以上的指挥军官和到总部机关的参谋军官，同时也培养硕士、博士研究生。国防科大主要招收高中毕业生和部分技术类的研究生，博士生。
从院校地域级别来讲：国防大学主校区在北京，在西安、南京均有分校，级别是副大军区级，校长是中将或高配上将。国防科大主校区在长沙，在南京、郑州均有分校，级别是正军级，校长是少将或高配中将。级别上来讲，国防大学比国防科大高半级