二者是不同部门发的，性质不一样，作用也不一样。
药剂师证在卫生部门管辖的药品使用单位用---也就是医院、门诊、诊所等，执业药师在药监部门管辖的药品生产经营企业使用----即药厂、医药公司和药店。目前一般药剂师证只能在所在省内使用，执业药师在可全国使用。
执业药师，或称药师，是负责提供药物知识及药事服务的专业人员。药剂师是药物的专家，同时是解答市民大众有关药物问题的最适当人选。药剂师负责监察医生所处方的数种药物中有否出现药物相互作用;并根据病人的病历、医生的诊断，为病人建议最适合他们的药物剂型(如:药水、药丸、塞肛药等)、剂量(如:老人、肝病或肾病患者或需根据病情)。
称药师和执业药师是不一样的。执业药师是准入考试证书，初级药师是职称类的考试。两个都是全国统一考试。药师考试是卫生部门组织的药学职称考试，主要在医院药房等医疗单位从业，包括药士、药师、主管药师、副主任药师、主任药师。
执业药师属于药监系统，执业药师考试是人事考试中心负责，执业药师也是国家承认证书，主要是在药店等药品经营单位从业，属于准入证书。
药店等药品经营单位须要执业药师，所以执业药师侧重药店等药品经营单位工作，一般不能作为应聘医院的依据。初级药师一般是医院工作需要的，主要在医院工作。因而大部分地区是执业中药师可以卖中药、西药，执业西药师只能卖西药。