虽然政策方向已经明确，但是真正落实还需要克服多重障碍。
一是报考条件差别导致职称衔接困难
按照报考条件相关规定，职称药师报考只能是药学或中药学专业，而执业药师则是相关专业均可报考，因此两者对接存在障碍。
二是考试评价标准存在差别
据普遍反映，过去职称药师考试难度小于执业药师，而从今年开始职称药师考试难度将大于执业药师，考查偏向于临床用药。虽然2015年修订的执业药师考试大纲强调了临床实用考点的考查，但是两种考试的评价标准还没有趋同。因而，在今年的职称药师和执业药师考试中，可能会出现拿到执业药师资格证书的医院药师，通不过主管药师或主管中药师的考试的情况。按照职业资格和职称对接政策，执业药师可以认定为中级职称。
三是两种药师适用范围存在差异
职称药师主要在医疗机构，执业药师主要工作场所是社会药店、医药公司和药品生产企业。公立医院中职称评定和收入挂钩，如果执业药师证在医院可以转为中级职称，则能够提高医院药师收入。但是，社会药店中的中级职称却基本无意义，收入主要由执业药师所在岗位创造的销售价值决定，和职称联系不大，这也就意味着社会药店的执业药师提升收入、社会地位比较难。
有人认为，执业药师和职称药师对接政策会促进处方外流，但笔者对此并不抱乐观态度，因为现在公立医院实施药品零加成后，医院药师已经开始向临床药学服务转型，而社会药店因为路径依赖，仍难脱离销售导向的经营模式。处方外流和执业药师、社会药店经营模式能否向临床药学转变呈正相关。