1.证书使用的范围
药师是地方性的职称证书，仅用于当地证书颁发机构地区范围，不可跨省使用或任职。
执业药师属于全国性证书，全国各地区均可通用。
2.考试级别
药师是属于职称考试，是由卫生部及当地人事部门负责，一般为初级，以后还可以接着考，主管药剂师是中级职称，主任药师是高级职称。
执业药师属于执业资格，需要通过全国统考，是由国家药监局主考，难度方面较药师更大，当然效力也更大。目前开药店必须要有一张执业药师证书或者有至少一名执业药师人员。
执业药师：是从业资格，指经全国执业药师资格考试(一种从事药学执业工作的资格准入性考试)，取得《执业药师资格证书》并经注册登记取得《执业药师注册证》，在药品生产、经营、使用单位中执业的药学技术人员。也可以这样理解：通过全国执业药师资格考试取得执业药师资格证书，并经执业注册的药师称执业药师，具体也分执业中药师、执业西药师。职称等级相当于医疗机构的中级职称，用人单位可以聘用从事中级职称级别的质量管理工作，并享受相应的待遇。国家规定的是零售药店必须配备驻店药师，在一些大中型城市要求驻店药师必须具有执业药师资格。
药师：是属于职称，药师具体按专业不同分中药师、(西)药师，中药师与西药师都是药师，待遇都一样，只不过具体的专业不同。所谓的初级指的是职称，职称级别：初级、中级、副高、正高。中药师的晋升次序是：中药师、主管中药师、副主任中药师、主任中药师。(西)药师的晋升次序是：西药师、主管西药师、副主任西药师、主任西药师。中药师与西药师都属于初级职称。上下级药师之间在业务技术上有指导关系。执业药师是指经全国统一考试合格，取得《执业药师资格证书》并经注册登记取得《执业药师注册证》，在药品生产、经营、使用单位中执业的药学技术人员。药学技术人员是指具有药学专业知识，取得药学专业技术职称并从事药学工作的技术人员。执业药师是药学技术人员的一部分，药学技术人员不一定是执业药师，但执业药师一定是药学技术人员。