审计局与会计事务所的区别主要有：
性质不一样：审计局是政府部门，会计师事务所是企业。会计师事务所是指依法独立承担注册会计师业务的中介服务机构，审计局是地方各级审计局均为行政单位，国家公务员编制。
服务对象及作用不一样：审计局主要负责地方政府各部门和所有企事业单位的审计监督工作。会计事务所是连接政府和企业的桥梁，所有者和经营者之间的纽带，独立于政府和企业之外、不以盈利为首要目标、具有法定社会职能的第三人。
目的不一样：会计事务所里注册会计师是对财务报告出具审计意见，而审计局主要是对资金及资产的使用是否违规进行审查。
审计局主要负责地方政府各部门和所有企事业单位的审计监督工作。审计局一般设有办公室、财政金融审计科、行政事业审计科、经贸审计科、固定资产投资审计科、农业资源与环境审计科、干审科、干部经济责任审计办公室、内审协会等科室。组织实施国家、省审计方针政策、法律法规；受委托研究起草有关审计行政管理的地方性法规、规章草案，经审议通过后组织实施指导、协调监督各级审计机关的业务。向市人民政府报告和向市人民政府的有关部门通报审计情况，提出制定和完善有关政策法规的建议。
会计师事务所是依法设立并承办注册会计师业务的机构。注册会计师执行业务，应当加入会计师事务所。在我国可分类为有限责任公司、合伙制两种形式，在国外还有有限责任合伙制(LLP)。会计师事务所的基本职能就是依据这些法律、法规和政策，对市场微观主体的行为和经营结果进行规范调整，从而使国家的意志在社会经济活动中得到实现，使“法制”过渡到“法治”，“以法治国”转变为“依法治国”，把企业的经营活动纳入法治轨道，最终达到社会资源充分利用和优化配置的目标。因此，会计中介机构在国家经济政治生活中起着重要作用，担当着不可替代的角色。