南京金陵神学院的前身始于1911年的金陵神学院及其后的金陵女子神学院。坚持爱国爱教、独立自主的原则办学，培养灵、德、智、体、群全面发展，既能服务教会、又能服务社会的神学人才。在“文化大革命”期间停办。1981年春天恢复办学。学院是中国基督教三自爱国运动的重要成果，也是中国基督教神学思想建设的重要基地，是全国性的神学高等学府。
学院于2009年3月，从位于鼓楼区大锏银巷17号的老校区搬迁到江宁大学城新校区，改善了办学条件。
学院由中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会主办，实行董事会领导下的院长负责制。学院有五个职能部门：办公室、教务处、图书馆、研编室、学工处，开展日常教学与管理工作。
招生情况
学院面向全国招生，学制齐全，有本科（神学学士学位）课程、硕士研究生课程，神学博士与教牧学博士课程，目前全日制在校生500人左右，专业课程有圣经研究、系统神学、历史神学和实践神学，还有大学公共课程。除全日制教学外，为满足各地教会需要，学院还开设教牧研究生班、圣经函授班。
师资力量
学院校舍宽敞，教学设备完整。为保证教学，学院一直致力于师资队伍的建设，有20多位专职教师，90%以上拥有硕士学位，三分之一以上拥有博士学位，教师的专业覆盖了神学教育中的所有专业。1995年，学院开始颁发神学学士和神学硕士学位，2016年开始招收神学博士研究生，2017年开始招收教牧学博士研究生。学院也是东南亚神学教育协会成员。
图书馆现有中外文藏书8万余册，绝大部分为专业图书。另有中英文期刊160余种。为保证教学、促进研究，图书馆还注重电子图书数据库建设，目前已建成投入使用的电子数据库有：中国基督教历史全文数据库，英文atlas数据库，常年购买中国知网数据库。同时也注重图书馆的功能建设，建有圣经研究资源中心、中国基督教研究中心，图书馆还定期举办博雅读书会，邀请国内外专家演讲。
学院常年出版两份期刊，一份是学术季刊《金陵神学志》，另一份是面向广大教职人员的双月刊《教材》。还出版了近百种神学、灵修、解经等书籍，为各神学院校和基层教会推进神学思想建设和开展基督教中国化探索提供丰富的资源。为迎接65周年院庆和金陵礼堂落成，编辑出版了110万字的《金陵神学文选》（二），学院还是基督教全国两会圣经主要发行点之一，为教会和信徒提供服务。
学院高度重视学术研究工作，积极发挥神学思想建设研究基地作用，开展多形式的学术探讨。学院于2013年和2015年承办了基督教全国两会主办的“中澳（澳大利亚）联合教会论坛”和“中加（加拿大）联合教会论坛”；还承办了世界基督教教会联合会国际事务委员会，东南亚神学教育基金会等有影响力的国际会议。学院举行60周年和65周年院庆时也举办了相关的学术会议。